A 05 de dezembro de 1496, D. Manuel I assina o decreto da expulsão dos Judeus de Portugal
"Para satisfazer uma exigência feita pelos Reis Católicos de Espanha, Fernando e Isabel, como condição para a realização do casamento de D. Manuel I com a Infanta D. Isabel, filha daqueles reis, o rei de Portugal promulgou em 5 de Dezembro de 1496 o édito de expulsão de judeus e de mouros do território português, tal como os reis espanhóis haviam feito em 1492. O rei D. Manuel I tentou fazer com que a princesa reconsiderasse (já que precisava dos capitais e do conhecimento técnico dos judeus para o seu projecto de desenvolvimento de Portugal), mas foi tudo em vão. Em 5 de Dezembro de 1496, Dom Manuel assinou o decreto de expulsão dos hereges (judeus e mouros), concedendo-lhes o prazo até 31 de Outubro de 1497 para que deixassem o país. Aos judeus, o rei permitiu que optassem pela conversão ou desterro, esperando assim que muitos se baptizassem, ainda que apenas pro forma.
No que tocava aos judeus, o rei estava plenamente ciente da importância que aquela comunidade representava, nomeadamente na vertente económica. Dessa forma, a gestão desta matéria caracterizou-se por um conjunto de avanços e recuos, que tão depressa cumpriam os trâmites requeridos para o casamento como observavam o melhor para o reino lusitano. Assim, para os judeus que quisessem receber as águas do Baptismo havia liberdade de permanecer. Os que não o fizessem, ficariam sujeitos à pena de morte e ao confisco dos bens. Mais tarde, medidas que dificultavam a saída dos judeus foram implementadas. Mas Espanha pressionava, e a própria infanta D. Isabel manifestou abertamente ao rei a sua posição, ao declarar: "só entrarei em Portugal, quando estiver limpo de infiéis".Ficava clara, deste modo, não só a intolerância religiosa espanhola, como a permeabilidade do reino português às exigências externas."
