A 5 de outubro de 1143 foi celebrado o Tratado de Zamora, o diploma resultante da conferência de paz entre D. Afonso Henriques, primeiro rei de Portugal e seu primo, Afonso VII de Leão e Castela.
Esta é considerada como a data da independência de Portugal e o início da dinastia afonsina.
O túmulo de D. Afonso Henriques, mandado construir por D. Manuel I aquando da sua visita a Coimbra em 1502, fica no tramo central da Igreja de Santa Cruz.
O Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra foi fundado em 1131 pelo Arcediago D. Telo, D. João Peculiar e S. Teotónio (primeiro Prior do Mosteiro e primeiro Santo de Portugal) e outros religiosos, que adoptaram a regra dos Cónegos Regrantes de Santo Agostinho.
A instituição recebeu muitos privilégios papais e doações dos primeiros reis de Portugal, tornando-se a mais importante casa monástica do reino.
O estatuto de Panteão Nacional foi reconhecido ao Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra em agosto de 2003, pela presença tumular dos dois primeiros reis de Portugal, D. Afonso Henriques e D. Sancho I. Esse estatuto é repartido com a Igreja de Santa Engrácia, em Lisboa.